തിരുവനന്തപുരത്ത് ആസ്ഥാനമായി പ്രവർത്തിക്കുന്ന രണ്ട് പ്രത്യേക അന്വേഷണ യൂണിറ്റുകൾ (I & II) ഉണ്ട്, ഇവയ്ക്ക് പോലീസ് സൂപ്രണ്ടുമാർ നേതൃത്വം നൽകുന്നു. ഡെപ്യൂട്ടി പോലീസ് സൂപ്രണ്ടുമാർ, പോലീസ് ഇൻസ്പെക്ടർമാർ, മറ്റ് ഫീൽഡ് ഓഫീസർമാർ, മിനിസ്റ്റീരിയൽ സ്റ്റാഫ് തുടങ്ങിയവർ പോലീസ് സൂപ്രണ്ടിനെ സഹായിക്കുന്നു. സംസ്ഥാനവ്യാപകമായി ഉണ്ടാകുന്ന പ്രധാന വിജിലൻസ് കേസുകൾ/വിജിലൻസ് അന്വേഷണങ്ങൾ ഈ യൂണിറ്റുകളെയാണ് ഏൽപ്പിച്ചിരിക്കുന്നത്.